על פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי, וגם על פי המשפט הישראלי, למדינת ישראל ישנה חובה לבצע חקירות יעילות כאשר ישנו חשד שחיילי צה"ל עברו על דיני הלחימה וביצעו עבירות כנגד פלסטינים, ובמקרים המתאימים להעמיד את אותם חיילים לדין. אולם, בפועל חיילים זוכים לחסינות כמעט מוחלטת על עבירות אותן הם מבצעים נגד פלסטינים תושבי הגדה המערבית, הנחשבים ל"אזרחים מוגנים" לפי כללי המשפט הבינלאומי.
הליך הפתיחה בחקירה פלילית נגד חיילי צה"ל החשודים בעבירות כלפי פלסטינים שונה מההליך המקביל ביחס לחשדות נגד אזרחים ישראלים. תיקי חקירה במשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח) שאמונה על ביצוע חקירות פלילית נגד חיילי צה"ל, אינם נפתחים אוטומטית בעקבות הגשת תלונה אלא מועברות לפרקליטות הצבאית, והיא זו המחליטה האם להעביר את התלונה לחקירת מצ"ח.
לא כל דיווח או מידע שמגיע לידיעת רשויות אכיפת החוק בצה"ל מביא בהכרח לפתיחה בחקירה פלילית. במקרים מסוימים די במסירת דיווח על אירוע כדי להביא לחקירתו, ובמקרים אחרים בעקבות הדיווח הפרקליטות הצבאית מורה על פתיחה בהליך של בירור, שרק בסופו מתקבלת החלטה אם לפתוח בחקירת האירוע.
ככלל, מדיניות הפתיחה בחקירה בצה"ל קובעת כי במקרה של חשד לעבירה שהתרחשה במהלך פעילות מבצעית, פתיחה בחקירה פלילית מותנית בבירור מקדים. על פי רוב, הבירור נשען על התחקיר המבצעי שמקיימת היחידה המעורבת באירוע המדובר, ואחריו מחליטה הפרקליטות הצבאית אם להורות על פתיחה בחקירה.
יוצאי דופן הם מקרים בהם נהרגים פלסטינים. ב-2011 קבע הפרקליט הצבאי הראשי דאז, אלוף אביחי מנדלבליט, לאחר מאבק ארוך של ארגוני זכויות אדם, שבכל מקרה מוות של פלסטינים שאינם מעורבים בלחימה תפתח חקירת מצ"ח מיידית, "אלא אם כן מקרי המוות אירעו במהלך פעילות בעלת אופי לחימתי מובהק".
העובדה שהתחקיר המבצעי מהווה בסיס להחלטה האם לפתוח בחקירה מעלה שורה של קשיים. התחקיר נועד להסיק מסקנות מבצעיות ולא לבירור אחריות פלילית. מבצעי התחקירים הם לרוב מפקדים שלא הוכשרו לבצע חקירות, ובמספר מקרים התגלה שחיילים שיקרו בתחקיר כדי להסתיר את מעורבותם או מעורבות חבריהם באירועים שבהם יש חשד למעשים פליליים.
מהלך החקירה במצ"ח אינו מוגבל בזמן כיום ויכול להתמשך שנים עד להכרעת הפרקליטות הצבאית בגורל התיק, דבר העלול להוביל לכך שראיות אינן נאספות ונבחנות בזמן, וגם לכך שהחיילים החשודים בביצוע העבירה כבר יצאו מתחולת חוק השיפוט הצבאי. כמו כן, בצה"ל אין כיום גוף אחד המרכז ומנהל את הטיפול בתלונות ועוקב אחר קצב התקדמות הליכי הבירור והחקירות.
ועדת טירקל, שהוקמה בעקבות אירועי המשט הימי (מאווי מרמרה) במאי 2010, בחנה את מנגנון הבדיקה והחקירה ביחס לתלונות וטענות בדבר הפרות של דיני הלחימה לפי המשפט הבינלאומי. הוועדה קבעה כי "יש מקום לתיקונים ולשינויים במנגנוני הבדיקה והחקירה וכי באחדים מן התחומים יש מקום לשינויים במדיניות המקובלת".
בין השאר, הוועדה אימצה את עמדת יש דין, לפיה ההחלטה לפתוח בחקירה אין ראוי כי תהיה תלויה בתוצאותיהם של תחקירים מבצעיים. הוועדה גם המליצה לקבוע מסגרת זמן קצובה וקצרה שבה תתקבל החלטה על פתיחה בחקירה וכן משך זמן מקסימלי לביצוע חקירה.
אולם ועדת צ'חנובר, שהוקמה בכדי להמליץ על צעדים מעשיים ליישום המלצות דו"ח טירקל, פרסמה ב-2015 דו"ח שבו היא נמנעה מהמלצות יישומיות קונקרטיות הנוגעות לתקני כוח האדם והתקציבים הדרושים לשם יישום ההמלצות של טירקל, ובחלק מההמלצות לא נקבעו מסגרות זמן ושלבים לביצוע. ללא התייחסות להיבטים מעשיים אלה, ברי כי לא יוכלו הגופים השונים להטמיע את ההמלצות, ואלה יישארו אות מתה עוד זמן ממושך.
הפוסט מדיניות החקירות הופיע ראשון ביש דין